現時全校設定有醫學、工學、管理等三個學院。大學部中醫學院下有九系、工學院下有五系、管理學院下有四系。研究所共21所。醫學系 物理治療學系暨研究所 護理學系暨研究所 中醫學系 醫學生物技術暨檢驗學系 呼吸照護學系 職能治療學系 生命科學系 醫學影像暨放射科學系 基礎醫學研究所 微生物及免疫學科 解剖學科 公衛暨寄生蟲學科 生化暨分子生物學科 生理暨藥理學科 臨床醫學研究所 醫學生物技術研究所 天然藥物研究所 複健科學研究所 護理學研究所 臨床行為科學研究所 傳統中國醫學研究所 顱顏口腔醫學研究所 工學院電機工程學系/研究所機械工程學系/研究所化工與資料工程學系/研究所電子工程學系/研究所資訊工程學系/研究所 光電工程研究所 生化與生醫工程研究所 醫療機電工程研究所 管理學院醫務管理學系/研究所資訊管理學系/研究所工業設計學系/研究所工商管理學系企業管理研究所/EMBA通識教育中心