現階段本校共有8個碩士班、16系，分屬於醫事科技、健康、管理暨語文與福祉科技四學院。主要是：放射科技系（所）、醫務管理系/健康產業管理研究所、醫學檢驗生物技術系（所）、護理系、環境工程衛生系（所）、食品科學系（所）、生物醫學工程系、餐飲管理系（科）、資訊管理系、財務金融系、企業管理系（所）（科）、資訊工程系、生物技術系（所）、應用英語系、視光系、健康休閒管理系。