真理大學臺北校區設有：宗教文化與組織管理學系、人文與資訊學系、音樂應用學系、應用日語學系、英美語文學系、臺灣文學系、觀光事業學系、觀光數位知識學系、運動管理學系、運動資訊傳播學系、資訊管理學系、企業管理學系、工業管理與經營資訊學系、財務金融學系、經濟學系、法律學系、財政稅務學系、國際貿易學系、會計資訊學系、資訊工程學系、應用數學系、統計與精算學系，並開設了五個碩士項目：宗教文化與組織管理學系碩士班、資訊工程學系碩士班、企業管理學系碩士班、經濟學系財經碩士班、統計與精算學系碩士班。台南校區開設：日本語文學系、應用英語學系、航空運輸管理學系、生態觀光經營學系、餐旅管理學系、休閒遊憩事業學系、水域運動休閒學系、運動健康與休閒學系、工商管理學系、知識管理學系、資訊應用學系。