學校現時設有理、工、電機、資訊、管理、人文社會、生物科技、客家文化、光電等九個學院，共有二十個學系、二十八個獨立研究所。現學校開設如下教育組織：光電工程系所、管理科學學系、管理科學系碩士班、工業工程與管理系所、分子醫學與生物工程研究所、分子科學研究所、多媒體工程研究所、電子物理學系暨研究所、電子工程系所、電信工程研究所、電控工程研究所、電機資訊學士班、電機工程學系、傳播與科技學系、傳播研究所、財務金融研究所、材料科學與工程系所等等。國立交通大學在韋博世界大學12000中的排名為81比特，臺灣第3